Натуральные структуры — это группы блоков или специальные строения, которые возникают при генерации карты и осуществляют определенные функции. Также они могут быть созданы для разнообразия ландшафта. Все натуральные структуры в Minecraft можно разделить на опциональные и неопциональные. Стоит отметить, что в группу опциональных структур входят лишь структуры Верхнего мира. Структуры же Края и Нижнего мира по умолчанию будут неопциональными. Неопциональные структуры — структуры, на генерацию которых игрок повлиять не может. То есть их создание нельзя отключить в настройках генерации карты.
Деревья.
Структуры, генерация которых очень сильно зависит от биомов. Их можно также выращивать из саженцев. Деревья состоят из древесины разных видов и листвы, в состав баобаба и болотного дерева также входят лианы. В джунглях на стволах деревьев также генерируются какао-бобы.
Огромные грибы.
Структура, которая в натуральном виде встречается в темном лесу и грибном биоме. Они состоят из массивной шляпки, текстура которой полностью зависит от типа гриба и ножки. Они являются отличны источником грибов, из которых можно сделать тушеные грибы. Также огромные грибы могут быть выращены вручную. Для этого необходимо использовать костную муку на предварительно коричневый или красный гриб.
Летающие острова.
Удивительные структуры, которые появляются на карте из-за многочисленных ошибок в генераторе мира. Иногда с таких островов стекает вода или лава, а на самих островах вполне могут спауниться мобы и расти деревья. Эти структуры пользуются большой популярностью у игроков, так как дом, построенный на летающем острове, смотрится красиво и необычно. Чаще всего летающие острова можно увидеть в горных биомах.
Водопад.
Красивое явление, объясняющееся наличием одного или более блоков-источников жидкости в камне. Наиболее часто можно встретить водопад или лавопад, который стекает на дно большого каньона. Также есть шанс наткнуться на водопад во время исследования горных биомов. В Нижнем мире часто можно увидеть очень большое количество потоков лавы, стекающих сверху.
Пляж.
Пляжи, как правило, генерируются вдоль побережья, которое примыкает к океану. Сейчас существуют лишь песчаные пляжи (ранее были также пляжи из гравия). Стоит отметить, история пляжей часто претерпевала определенные изменения. К примеру, в Beta 1.8 пляжи полностью были удалены, что было связано с изменением алгоритмов генерации карт. Однако они были возвращены в версии 1.1, где стали другими. При этом пляж является отдельным биомом.
Озеро.
Небольшой водоем, сгенерированный под землей или на поверхности. Также озера могут состоять из лавы, что часто вызывает пожары, в особенности в лесных биомах. Лавовые озера, как правило, окружены по периметру гравием или камнем. Подземные озера не имеют выхода в пещеру или на поверхность.
Колодец.
Структура, которая встречается исключительно в пустыне. Она представляет собой конструкцию из песчаных плит или песчаника с пятью источниками воды в центре.
Пещера.
Наиболее часто встречающаяся подземная структура. Представляет собой туннель, проходящий под землей. Она может быть очень глубокой и простираться на очень большие расстояния. Во время исследования пещер есть шанс наткнуться на любую подземную натуральную структуру. В основную массу пещер можно попасть прямо с поверхности. Пещеры представляют особой определенную ценность, поскольку в их стенах содержатся различные ресурсы, которые проще добывать.
Каньон.
Массивная структура, как правило простирающаяся под землей. Однако ее часто можно увидеть и на поверхности. Внутрь каньона стекают потоки воды или лавы. Ввиду огромных размеров, она часто пересекается с сокровищницами, заброшенными шахтами и другими каньонами. В каньонах часто можно найти полезные ресурсы.
Структура из замшелого булыжника.
Наземная структура, генерирующаяся в биоме большой тайги повсеместно. Состоят они из замшелого булыжника. Чаще всего генерируется кубом 3 на 3 на 3 без угловых блоков. Также как и озера, они генерируются после деревьев, благодаря чему иногда можно видеть, что елка растет прямо на замшелом булыжнике.
Стоит отметить, игроки не слишком часто ищут в Сети механику света в Майнкрафте, полагаясь на свой опыт.